2005 yılında Mühendislik Mimarlık Fakültesi'nin temel atma törenine katılan Başbakan Recep Tayyip Erdoğan'ı protesto ederek törene katılmayan ve bildiri yayınlayan Abant İzzet Baysal Üniversitesi eski Rektörü Prof. Dr. Yaşar Akbıyık, protesto talimatını YÖK eski Başkanı Prof.Dr. Erdoğan Teziç'ten aldığını açıkladı.
O zaman "Üniversiteler, Atatürkçü düşünceyi özümsemiş, laik Cumhuriyet ilkelerinin yer bulduğu kurumlardır" ifadelerinin yer aldığı bir bildiri ile Başbakan Erdoğan'ı protesto eden Akbıyık, bu kez Yeni Şafak Gazetesi'nde yazdığı yorum köşesinde türbanı savunan YÖK Başkanı'na destek verilmesini isteyerek 180 derece dönüş yaptığını gösterdi.
11 Mayıs 2005 tarihinde düzenlenen İzzet Baysal'a Şükran Günleri etkinlikleri kapsamında Gölköy Kampüsü'nde Mühendislik Mimarlık Fakültesi temelinin atıldığı gün, AİBÜ Rektörü Prof. Dr. Yaşar Akbıyık, törene katılan Başbakan Recep Tayyip Erdoğan'ı protesto etmişti. Akbıyık, o gün törene katılmayarak Başbakan'ı protesto ettiği gibi, bir de bildiri yayınlayarak, "Üniversiteler, Atatürkçü düşünceyi özümsemiş, laik Cumhuriyet ilkelerinin yer bulduğu kurumlardır. Özerktirler, özgür düşünce hakimdir ve siyaset üstüdür. Bu düşünceler ışığında üniversitelerimizin siyasallaştırılma çabaları veya üniversitelere siyasetin etkilerinin yansımaları kabul edilemez" ifadelerini kullanmıştı.
Üç sene önce üniversiteleri laik cumhuriyet ilkelerinin yer bulduğu kurumlar olarak nitelendiren Prof.Dr. Yaşar Akbıyık'ın geçtiğimiz cuma günü Yeni Şafak Gazetesi'nde yer alan ifadeleri ise herkesi şaşırttı. Yaşar Akbıyık'ın türbanı savunan YÖK Başkanı Yusuf Ziya Özcan'a destek veren yazısında, "Demokratik bir yaklaşımla, üniversitelerde yasakların kaldırılması gereğini ifade eden, YÖK Başkanı Prof. Dr. Yusuf Ziya Özcan'ı, modern çağa hitap eden yaklaşımı ile takdir etmek gerekir" dedi.
Prof.Dr. Yaşar Akbıyık, Başbakan Erdoğan'ı protesto talimatını YÖK eski Başkanı Prof.Dr. Erdoğan Teziç'ten aldığını açıkladı. Yeni Şafak Gazetesi'nin haberine göre, protesto eylemine uzanan olay şöyle gelişti;
"Akbıyık konuyu 5 kişinin katıldığı bir yemekte konuştuğunu ve Teziç'in de açılışa başbakanın davet edilmesine karşı çıktığını söyledi. Teziç'in "Siyasileri çağırmayın" dediğini anlatan Akbıyık, "O zaman vakıftan yaklaşık 3 trilyon para geliyordu. Sayın Teziç'e bunu söyledim. ?Vakıf Başkanı Ahmet Bey bastırıyor. Programa katılmazsam bu para kesilir' dedim. O da ?Kesilsin, ben sana para bulurum' dedi ve bu talimatı verdi. İzzet Baysal Vakfı Başkanı Ahmet Baysal'ı, Başbakan Erdoğan'ı sadece Tıp Fakültesi'ni gezdirme ve protokol konuşması yaptırmama konusunda ikna etmeye çalıştığını aktaran Akbıyık, şunları söyledi: "Ahmet Bey direnince Sayın Teziç'in bu konuda olumsuz düşündüğünü belirttim. O da ?Ben YÖK Başkanı ile konuşurum' dedi. Israrla arayacağını ve YÖK Başkanı'nı ikna edeceğini söyledi. Ben sonra YÖK Başkanı'na durumu aktardım. ?Ahmet Bey sizi arayacak' deyince ?Görüşmem' dedi. Cumhurbaşkanı'na bile bir telefonla ulaşan Vakıf Başkanı, Teziç'e telefonla ulaşamadı. Orada ipler koptu"
Akbıyık'ın 3 yıl aradan sonra Üniversite Senatosu'nun da onayladığı protesto eylemini, dönemin YÖK Başkanı Prof.Dr. Erdoğan Teziç'ten aldığını açıklayarak 180 derecelik dönüşle dikkatleri üzerine çekmesi, gelecek dönem için AİBÜ Rektörlüğü'ne tekrar aday mı olmak istiyor sorularını akla getirdi.
